Все верно - в лучших традициях реляционных баз данных вы не можете удалить запись из одной таблицы, если она имеет связи с записями в других таблицах. В данном случае торговую точку удалить вы не сможете, пока на нее ссылаются какие-либо документы (товарные накладные, заказы, кассовые ордера). Отсюда вывод: надо убрать все ссылающие записи, то есть, откатить а потом удалить все документы, в которых упоминается эта торговая точка.
Если это возможно, то хорошо, если нет, то точку можно просто закрыть (флажок) в карточке торговой точки. В этом случае она будет недоступна для выбора и вы не сможете случайно провести по ней документы.
Если есть разделение прав пользователей, то можно еще и убрать эту точку из списка доступных для пользователя, тогда для него ее не будет даже видно.
И, наконец, есть еще полная очистка базы данных от документов с очисткой справочника торговых точек.

Флажок "Закрытая" находится в карточке торговой точки, справа от поля с названием точки. Если у вас этого флажка нет, это значит, что вы используете довольно старую версию ТЦУ и вам необходимо ее обновить.

Наличие флажка зависит от версии ТЦУ, а не от ее редакции.

Да, вам необходимо обновиться. Ссылка на самую последнюю версию ТЦУ