Похоже наш puzzle начинает складываться в картинку. Смотрите, а если сложить в одну кучу ваше предложение и мое.

Первое утверждение и второе наводит меня на мысль, что мы не можем вовремя вернуть тару, потому что нам не вернули ее вовремя.

Похоже остается сделать последний шаг - замкнуть цикл. Идея в том, чтобы превратить возвратную тару в обычный товар. Для этого тару возвращаем (фиктивно) и как товар отгружаем. С поставщиком та же история.
Ну а теперь собственно методика.
1. Возвращаем от покупателя возвратную тару по возвратной накладной.
2. Возвращаем поставщику эту возвратную тару (она уже есть на складе, мы ведь ее вернули) по расходной накладной с указанием нужных розничных цен, которые должны быть равны залоговым. Для этого желательно создать отдельную статью движения (активную), и в отчете по продажам настроить фильтр для исключения данной статьи из отчета.
3. Приходуем от поставщика тару как товар с указанием "правильных" закупочной и розничной цены (с учетом НДС). При этом статья должна быть активная (желательно тоже статью создать отдельную). При этом у нас возникает "нормальная" задолженность по таре перед поставщиком.
4. Расходуем на покупателя тару как товар, по методике, описанной в предыдущем моем послании.
Итого 4 операции. Сложно? Достаточно сложно, но с другой стороны все абсолютно правильно. Залоговой тары теперь нет, по всем операциям "правильно" отражено движение тары как товара, все документы будут выписаны "правильно".

Каково ваше мнение?

К сожалению не существует волшебной кнопки, которая бы преобразовала тару залоговую в тару в обычный НДС-ный товар.
Тем не менее решение найдено и, я думаю, решение правильное.

Если вы будете включать цену тары в цену жидкости, то как же вы сможете вести тару?
И как в этом случае тара может быть залоговой? Клиент видит общую сумму по накладной, а оплачивать должен не полную сумму?
Мне кажется, правильнее вести тару отдельной позицией, тем более, что она залоговая.

1. Залоговая тара, или нет, зависит всего лишь от одной маленькой галочке в столбце "тара" в расходной накладной. Если флажок установлен, то в печатных формах данная тара пойдет как возвратная.
2. Приобретайте бутылку у приемщиков тары как обычный товар, продавайте ее покупателям как обычный товар (без признака тары в накладной).
Тут не нужно ничего выдумывать (все как в реальной жизни). Кроме приходных и расходных накладных мы никакими больше инструментами не располагаем (да они и не нужны). Кроме признака тары (возвратная или нет) нам также ничего не нужно.
Чтобы отследить соответствие тары и продаваемого товара установите связь между товаром и тарой, как описано в статье http://andriy.co/QuickStartDetail.aspx?qstartId=8

Начальные остатки, кассу и долги перенести достаточно несложно.
Сложнее загрузить справочники, если они уже были набраны в другой учетной системе. Можно попробовать это сделать автоматически. Для этого Вы должны мне сказать какой программой Вы пользуетесь. Если Вы считаете, что это конфиденциальные данные, можете мне написать на mail@andriy.co

Когда справочники заполнены, то можно произвести начальный ввод остатков.
1. Для этого удобно создать служебного клиента, с именем, например, "Ввод остатков". Обязательно по пассивной статье (чтобы перед клиентом "Ввод остатков" не возникала задолженность) приходуем товар на точку (или точки, если их несколько).
2. После этого от клиента "Ввод остатков" делаем заполнение касс наших точек с помощью приходных кассовых ордеров (опять же, по пассивной статье).
3. С помощью документов регулирования задолженности вводим начальные задолженности клиентов.