1. Каждая торговая точка может иметь полностью отдельные свои реквизиты. Для того, чтобы в документах (например, расходных накладных) высвечивались реквизиты конкретной торговой точки нужно снять флажок "Подставлять в отчетах название фирмы из параметров системы". И наоборот, если этот флажок задан, то реквизиты будут браться "сверху" - из параметров системы.
2. Каждая точка может иметь дополнительный набор реквизитов, так называемые "налоговые реквизиты", которые могут быть совершенно другими, по сравнению с основными реквизитами. Эти реквизиты актуальны при выписке расходных накладных, проведенных в "фискальном" режиме (Значок "Провести как фискальный" на контекстной вкладке в расходной накладной).

3. Если интернет-магазины соответствуют физическим торговым точкам или складам, и по ним ведется отдельный учет, то тогда однозначно создаем три торговых точки. Чтобы выписывать документы с разными реквизитами, можно использовать две дополнительных (транзитных) торговых точки, на которые товар передаем и с которых товар отгружаем.
Передав товар со склада интернет-магазина на СПД по накладной на передачу, по правой кнопке нужно выбрать пункт меню "Создать расходную на основе приходной" и автоматически будет создана расходная накладная с тем же товаром и количеством. Остается только указать покупателя и провести накладную.

Прайс-лист и ценники черпают свои данные из справочника товаров. Поскольку справочник товаров актуален для всей системы, то и отчеты, привязанные непосредственно к справочнику товаров, должны брать данные без привязки к точке, то есть название предприятия в шапке берется из общих параметров.
Вы можете скачать вот эти ценники, думаю, это поможет (я их уже выставлял на форуме). Распакуйте архив и бросьте их в подкаталог Reports каталога программы