Здравствуйте, Sebastian
Проделать нужно следующее.
1. Создаете приходную накладную и в качестве поставщика задаете покупателя, возвращающего товар.
2. ОБЯЗАТЕЛЬНО задайте признак "Возврата" слева на боковой панели приходной накладной.
3. Укажите товар, который возвращается. При этом закупочную цену выберите из истории (по кнопке в поле закупочной цены), а розничную, как Вы уже заметили, укажите за минусом скидки.
4. Проведите документ.
Признак возврата показывает, что возвращается ранее проданный товар. При этом переоценка будет проходить только на возвращаемый товар (ведь его цену после возврата нужно привести в соответствие с розничной ценой магазина), основной товар (который есть в магазине) переоценка не затронет.

Теперь, что касается брака. Для этой цели служит документ "Акт пересчета остатков". Его задача привести в соответствие данные по учету к фактическому состоянию. Работает по принципу "Было - стало". Наиболее часто применяется для отражения переучета.
Ну и по традиции несколько ссылок, чтобы почитать на ночь

Ведение переучета
Акт пересчета остатков