1. В реестре товаров они и так "невидимые", если их количество нулевое. Для этого нужно просто снять флажок "С нулевыми остатками".
2. Товары можно закрыть (флажок в карточке товара).
3. Можно создать отдельную группу, назвать ее, например, "Закрытые" и свалить туда все мешающие товары.

В принципе, ничего не происходит. Это признак важный скорее всего для оператора, чем для программы.
1. "Закрыть" товар, можно только в том случае, если на всех точках его количество нулевое.
2. Закрытые товары не попадают в автоматически формируемые заказы.
3. Закрытый товар все равно виден в инструменте выбора товаров. Это нужно для того, чтобы пользователь не создавал дублирующиеся товары, когда, например, закрытый товар снова поступает на приход. В свое время мы убрали из просмотра закрытые товары и столкнулись с проблемой - пользователи заново добавляли этот товар в справочник со слегка измененным наименованием.