Да, Shopdesk учитывает особенности работы по эквайрингу. Чтобы настроить поддержку, нужно сделать следующее:
1. В настройках Shopdesk укажите точку-получатель средств по эквайрингу



Обычно пара документов "чек-оплата" из Shopdesk трансформируются торговым сервером в "расходную накладную-приходный кассовый ордер" в ТЦУ на той торговой точке, откуда продается товар. Но в случае с оплатой по карте расходная накладная будет создаваться на той точке, откуда продается товар, а оплата по чеку, который был оплачен картой будет создаваться на точке-получателе средств по эквайрингу.
Отдельный учет по таким оплатам необходим по двум причинам:
1. Оплаты по картам не должны искажать отчет по кассовым оборотам, так как фактически средства поступают позже и они не должны влиять на сумму наличных в кассе. Также они отделены от наличных в X и Z отчетах в Shopdesk.
2. Для того, чтобы позже бухгалтер разносил оплату с банковских выписок по этим чекам. Если быть точнее, там еще надо будет создать расходные кассовые ордера на банк, предоставляющий эквайринг на сумму комиссии. Бухгалтер должен это сделать вручную.

При утверждении чека в Shopdesk кассир в форме калькулятора (в которой вводится сумма от клиента и где идет расчет сдачи) должен нажать кнопку "Платежная карта".



После этого произвести оплату по POS терминалу. В случае успешного списания денег с карты, POS терминал на чеке распечатает код авторизации, который кассиру нужно ввести в эту форму. Код авторизации в дальнейшем будет виден в ТЦУ, что упростит идентификацию оплаты при разноске.

З.Ы.
Версии Shopdesk и торгового сервера должны быть самыми последними.