Здравствуйте! При восстановлении базы из резервной копии восстанавливаются данные в полном объеме, в том, который был на момент создания резервной копии.
Ситуация с неполным восстановлением не очень ясна, нужно смотреть. Если хотите, мы можем посмотреть через тимвьювер, пишите в скайп, вайбер, facebook - как удобно.
Что касается разных версий - с базой могут работать разные версии ТЦУ, однако, каждая из них исправляет структуру базу, что при попеременном запуске разных версий может привести к увеличению объема базы и затруднению работы по сети из-за роста размера (база формата Access или MSSQL, но тут просто растет размер журнала транзакций). Поэтому крайне желательно иметь на всех рабочих местах одинаковые версии ТЦУ. Тем более, если у вас 3.46.13, то лучше обновить ее как можно скорее, так как это взломанная версия со встроенным вредоносным ПО.