Проверяем.
1. Имеем цены, заданные в карточке товара

Витрина задана 4,50 грн
Цена по реестру задана 5 грн (см. изображение)

3. Создаем расходную накладную, задаем колонку прайса "витрина"
и выбираем наш товар.

Имеем автоматически подставленную цену в 4,50
Проверено на версии ТЦУ 3.45.37, которая является последним официальным релизом на момент 24.07.2010

Несколько замечаний.
1. Не путайте реестровую цену и цены прайс листа. Задача реестровой цены - учет в розничных ценах и контроль ценообразования. Изменяется только с помощью специального документа - акта переоценки. Задача прайс-листа - формирование ценовой политики компании. Для каждого товара можно сформировать до пяти колонок прайса, каждая из которых является помяткой, ярлыком, напоминанием - по какой цене нужно продавать данный товар при определенных условиях (количество, клиент и т.д.).
2. Проверьте вашу карточку товара. Возможно ваша цена в карточке товара уже изменилась, так как у Вас включено автоматическое обновление прайс-листа при изменении реестровой цены. (см. Справочники - настройки - деньги и цены, флажки "Обновлять цены в справочнике товаров при приходе и при переоценке").

Новый остаток может не показываться в двух случаях - если это изделие, либо если это услуга. Это нормально и правильно. Проверьте, для данных товаров значение типа товара.

Количество товарных позиций накладной никак не влияет на выбор цены для добавляемой позиции. К тому же, если это бывает редко, почему Вы не сообщили об этом в предыдущем посте, когда заявляли об это проблеме? Из Вашего предыдущего сообщения можно сделать вывод, что проблема в выборе цены наблюдается всегда. Мне кажется, что причина в уже измененной цене в карточке товара. См. мое предыдущее сообщение п.2 замечаний.

Скажите, пожалуйста, каким образом Вы добавляли товары в накладную? Это облегчит нам поиск причины такого поведения.

Я проверил, такое бывает только когда пользуешься "Быстрый ввод"